Im Jahre 1365 wird die Pfarrkirche erstmals erwähnt, 1427 zum heiligen Rupert geweiht. Die Passionsfresken an der Außenwand stammen aus der Zeit um 1440 und stellen die Stationen Ölberg, Geißelung, Dornenkrönung, Kreuztragung, Kreuzigung, Beweinung und Auferstehung dar. Die Statue des hl. Rupert im Inneren stammt aus der Spätgotik (1480).
Der Kirchturm mit Zwiebelhaube, wodurch die Pfarrkirche weitum bekannt ist, wurde erst 1663 bis 1664 durch Mauermeister Hans Eggensberger aus Kitzbühel errrichtet und 1770 wurde die Kirche durch Andre Hueber barockisiert.
1722 wird Aurach Expositur, 1787 Vikariat und 1891 bekommt Aurach eine eigene Pfarre.
